Viðamesta verkefni Ríkisendurskoðunar felst í því að endurskoða ríkisreikning og reikninga stofnana, fyrirtækja og sjóða ríkisins.
Samkvæmt 8. gr. laga um Ríkisendurskoðun felst fjárhagsendurskoðun hjá ríkinu í því að
- Meta hvort reikningsskilin gefi glögga mynd af rekstri og efnahag í samræmi við góða reikningsskilavenju.
- Kanna innra eftirlit stofnana og fyrirtækja og hvort það tryggir viðunandi árangur.
- Ganga úr skugga um að reikningar séu í samræmi við heimildir fjárlaga, fjáraukalaga og annarra laga, lögmæt fyrirmæli og samninga.
- Kanna og votta áreiðanleika kennitalna um umsvif og árangur af starfsemi stofnana birtist þær með ársreikningi.
Við þessi störf beitir Ríkisendurskoðun viðurkenndum verklagsreglum og hefur hliðsjón af stöðlum Alþjóðasamtaka ríkisendurskoðana (INTOSAI) og, eftir atvikum, stöðlum Alþjóðasamtaka endurskoðenda (IFAC).
Auk þess að votta fjárhagslegar upplýsingar leggur Ríkisendurskoðun áherslu á að kanna innra eftirlit stofnana. Þá skoðar stofnunin á hverju ári sérstaklega valda þætti fjármálastjórnar stofnana, svo sem innkaup á vörum og þjónustu, fjárvörslu, launamál o.s.frv.
Liður í fjárhagsendurskoðun hjá ríkinu er að kanna öryggi og hagkvæmni upplýsingakerfa sem ríkisaðilar nota. Við þessa vinnu er m.a. höfð hliðsjón af lögum um Ríkisendurskoðun, leiðbeiningum Alþjóðasamtaka ríkisendurskoðana og leiðbeinandi tilmælum Fjármálaeftirlitsins um rekstur upplýsingakerfa eftirlitsskyldra aðila.
Starfsmenn Ríkisendurskoðunar leitast við að kynna sér ítarlega starfsemi, starfsumhverfi, bókhalds- og eftirlitskerfi þeirra stofnana sem þeir endurskoða. Markmiðið með þessu er að meta hvort hætta sé á því að reikningskil gefi ekki glögga mynd af rekstri og efnahag. Slíkt áhættumat er nauðsynlegt til að tryggja að endurskoðunin beinist að því sem mestu máli skiptir fyrir áreiðanleika reikningsskilanna.
Á hverju ári eru á fjórða hundrað stofnanir, fyrirtæki og sjóðir ríkisins endurskoðuð. Val á aðilum til endurskoðunar byggist m.a. á áhættumati. Starfsmenn Ríkisendurskoðunar annast megnið af þessari vinnu en einkareknar endurskoðunarstofur annast hluta hennar samkvæmt samningum við stofnunina.
Ríkisendurskoðun gerir á hverju ári Alþingi og almenningi grein fyrir helstu niðurstöðum fjárhagsendurskoðunar í sérstakri skýrslu sem nefnist Endurskoðun ríkisreiknings.