Sjálfstæði Ríkisendurskoðunar felst m.a. í því að þótt hún heyri stjórnskipulega undir Alþingi þá velur hún sjálf og skipuleggur verkefni sín.
Forsætisnefnd þingsins getur þó krafið stofnunina um skýrslur um málefni sem falla undir starfssvið hennar. Í slíkum tilvikum ákveður stofnunin hins vegar nálgun að viðfangsefninu, hvenær skýrslu er lokið og hvernig niðurstöður eru settar fram. Sjálfstæði Ríkisendurskoðunar felst einnig í því að starfsmenn hennar eru í einu og öllu óðháðir þeim ráðuneytum og stofnunum sem þeir endurskoða eða hafa eftirlit með.
Sjá nánar: