Ríkisendurskoðun kannar meðferð og nýtingu almannafjár og bendir á leiðir til að bæta þessa þætti.
Stjórnsýsluendurskoðun er eitt meginverkefni ríkisendurskoðana í nágrannlöndum Íslands og raunar hvarvetna í heiminum. Litið er á þessa starfsemi sem mikilvægan þátt í eftirliti þjóðþinga með framkvæmdarvaldinu. Að baki býr hugmyndin um að valdhafar beri ábyrgð gagnvart almenningi og fulltrúum hans (e. public accountability). Til að slík ábyrgð sé virk þurfa að liggja fyrir opinberar upplýsingar um starfsemi stjórnvalda á hverjum tíma, meðferð og ráðstöfun fjármuna o.s.frv. Stjórnsýsluendurskoðun er ein leið til að afla slíkra upplýsinga.
Stjórnsýsluendurskoðun er í raun ein tegund frammistöðumats, þ.e. felst í almennri greiningu á því hvernig stofnunum og öðrum rekstraraðilum gengur að sinna lögbundnum verkefnum sínum. Mat á frammistöðu getur tekið til hagkvæmni, þ.e. til verðs og gæða þeirra aðfanga sem þarf til tiltekinnar starfsemi, skilvirkni, þ.e. hlutfallsins milli magns aðfanga og framleiddra eininga, eða markvirkni, þ.e. hvort árangur sé í samræmi við markmið (sjá einnig 9. gr. laga um Ríkisendurskoðun og greinargerðir með frumvörpum sem hafa orðið að lögum um stofnunina).
Stjórnsýsluúttektir fela ekki einungis í sér mat á framangreindum þáttum heldur einnig ábendingar um hugsanlegar úrbætur. Þá er iðulega horft til breytinga á skipulagi, stjórnun og starfsaðferðum þeirra sem koma að verkefnunum, hvort sem um er að ræða ráðuneyti, stofnanir eða aðra. Margvíslegum aðferðum er beitt í úttektum og er m.a. leitað í smiðju rekstrar- og stjórnunarfræða og félagsvísinda. Ríkisendurskoðun hagar stjórnsýsluendurskoðun sinni í samræmi við lög, staðla Alþjóðasamtaka ríkisendurskoðana (INTOSAI) og leiðbeininga sem byggja á þeim.
Við mat á frammistöðu stofnana byggir Ríkisendurskoðun oft á einhvers konar samanburði, bæði innlendum og erlendum, og er þá ýmist horft til annarra stofnana, fyrri ára eða viðurkenndra mælikvarða. Skýrslurnar veita því ekki aðeins sértækar upplýsingar um frammistöðu tiltekinna stofnana heldur einnig um stöðu þeirra innan þess málaflokks sem þær tilheyra eða jafnvel um stöðu tiltekins málaflokks í heild sinni. Stjórnsýsluúttektir Ríkisendurskoðunar eru jafnan sendar Alþingi og eru þar af leiðandi opinber gögn. Þegar skýrsla hefur verið birt lýkur yfirleitt afskiptum Ríkisendurskoðunar af viðkomandi málefni.
Samkvæmt 9. gr. laga um Ríkisendurskoðun getur stofnunin gert stjórnsýsluúttektir hjá öllum þeim aðilum sem fjármagna starfsemi sína með ríkisfé, ríkið á að hálfu eða meira eða njóta framlaga úr ríkissjóði vegna þjónustu sem þeir veita. Nokkur hluti úttektanna er jafnan saminn að beiðni forsætisnefndar Alþingis, einstakra ráðuneyta eða ríkisstofnana. Aðrar eru unnar að frumkvæði Ríkisendurskoðunar og viðfangsefnin þá m.a. valin út frá fjárhagslegu umfangi þeirra, áhættumati, svigrúmi til úrbóta og fyrri úttektum stofnunarinnar.
Starfsáætlun stjórnsýsluendurskoðunar 2009–2011
Vinnuferli stjórnsýsluúttekta hjá Ríkisendurskoðun
Þróun stjórnsýsluendurskoðunar hjá Ríkisendurskoðun 1987–2007