Árið 1987 tóku gildi ný lög um Ríkisendurskoðun sem veittu stofnuninni heimild til að gera svokallaða stjórnsýsluendurskoðun. 9. gr. laganna hljóðaði svo: „Ríkisendurskoðun getur framkvæmt stjórnsýsluendurskoðun hjá ríkisfyrirtækjum en í slíkri endurskoðun felst að könnuð sé meðferð og nýting á ríkisfé. Skal stofnunin vekja athygli hlutaðeigandi stjórnvalda á því sem úrskeiðis fer í rekstri og gera tillögur um úrbætur“. Í greinargerð með frumvarpi til laganna kom fram að tilgangur ákvæðisins væri að „efla frumkvæði löggjafans til afskipta af framkvæmd fjárlaga og rekstri stofnana og fyrirtækja ríkisins‘‘.
Á fyrstu árunum eftir að lögin tóku gildi snerust stjórnsýsluúttektir oft um skipulag og stjórnun almennt í stofnunum og hvernig minnka mætti kostnað, bæta skilvirkni og árangur. Síðar hefur færst í vöxt að reynt sé að mæla skilvirkni og markvirkni á kerfisbundinn hátt, m.a. með samanburði við svipaða starfsemi í nágrannalöndunum. Þessi þróun hefur að vissu leyti haldist í hendur við æ fjölbreyttari menntun starfsmanna í stjórnsýsluendurskoðun. Í upphafi sinntu einkum endurskoðendur og viðskiptafræðingar þessu starfi en síðar bættust við starfsmenn með menntun í félagsvísindum. Samhliða hefur starfsmönnum fjölgað og nú sinna samtals 10 manns þessu verkefni.
Framan af voru úttektir yfirleitt afmarkaðar við eina stofnun eða fjárlagalið. Síðustu tíu árin hafa þær í meira mæli beinst að tilteknum málaflokki eða verkefni sem ríkisvaldinu er ætlað að sinna. Má gera ráð fyrir að þessi þróun haldi áfram og að afmörkun úttekta færist frá því að vera einstakar skipulagsheildir eða fjárlagaliðir til þess að vera verkefni ríkisvaldsins, bæði í þröngum og víðum skilningi.
Ýmsar breytingar hafa orðið á skipulagi og vinnubrögðum í stjórnsýsluendurskoðun frá 1987 og hafa fyrirmyndir oft verið sóttar til systurstofnana erlendis. Nefna má að í byrjun ársins 2007 tók gildi stefna um verkefnaval og áherslur til þriggja ára og sama ár hófst kerfisbundin eftirfylgni stjórnsýsluúttekta sem felst í því að kanna hvort eða að hvaða marki ábendingar í skýrslum hafa verið framkvæmdar. Þá hafa verkferlar þróast og breyst í áranna rás, gæðaeftirlit hefur verið eflt á síðustu árum og framsetning upplýsinga í skýrslum hefur tekið miklum breytingum, svo dæmi séu tekin.