Samkvæmt 9. gr. laga um Ríkisendurskoðun getur stofnunin kannað hvernig stjórnvöld framfylgja áætlunum, lagafyrirmælum og skuldbindingum á sviði umhverfismála. Þá getur hún kannað árangur af fjárframlögum ríkisins til þessa málaflokks. Verkefnið kallast umhverfisendurskoðun og er í raun stjórnsýsluendurskoðun sem beinist að einum tilteknum málaflokki.
Umhverfisendurskoðun felst m.a. í að kanna hvort og hvernig stjórnvöld hafa framfylgt alþjóðlegum samningum á sviði umhverfismála. Einnig hvernig stjórnvöld fylgja innlendum lögum og reglum og eigin stefnu á þessu sviði. Enn fremur getur þessi tegund endurskoðunar falist í því að kanna hvort framlög ríkisins til verkefna á sviði umhverfisverndar hafa skilað tilætluðum árangri og hvort hagkvæmni hafi verið gætt við framkvæmd þeirra.
Umhverfisendurskoðun er eitt meginverkefni ríkisendurskoðana hvarvetna í heiminum. Unnið er að þróun hennar á vettvangi alþjóðasamtaka ríkisendurskoðana, INTOSAI, og Evrópusamtaka ríkisendurskoðana, EUROSAI.
Á umliðnum árum hefur Ríkisendurskoðun gert nokkrar úttektir á sviði umhverfisendurskoðunar. Má þar m.a. nefna úttektir á framkvæmd samnings um verndun Norðaustur-Atlantshafsins (OSPAR), samnings Sameinuðu þjóðanna um líffræðilega fjölbreytni og löggjafar um skógrækt. Skýrslur um þessar úttektir má nálgast hér. Nánari upplýsingar um umhverfisendurskoðun má nálgast hér.
Vegna sparnaðar í rekstri ákvað Ríkisendurskoðun vorið 2009 að hætta tímabundið þátttöku í vinnuhópum um umhverfisendurskoðun sem starfa á vettvangi INTOSAI og EUROSAI. Stefnt er að því að hefja þátttöku að nýju um leið og fjárhagur stofnunarinnar mun leyfa.