Skipurit Ríkisendurskoðunar tók gildi 1. apríl 2013. Fagleg starfsemi stofnunarinnar fer fram á tveimur sviðum: endurskoðunarsviði og stjórnsýslusviði. Fyrrnefnda sviðið annast fjárhagsendurskoðun samkvæmt 8. gr. laga um Ríkisendurskoðun en hið síðarnefnda annast stjórnsýsluendurskoðun samkvæmt 9. gr. sömu laga, auk annarra verkefna.
Tvær einingar sinna stoðþjónustu: lögfræði- og skjalastoð og rekstrar- og tölvustoð. Þá sinnir skrifstofa ríkisendurskoðanda ýmsum verkefnum sem lúta að eftirliti með stjórnsýslunni, alþjóðlegum samskiptum, almannatengslum og aðstoð við ríkisendurskoðanda. Fimm starfsmenn sitja í fagráði sem fjallar um ýmis málefni er varða faglega þróun starfseminnar.
Innra skipulag endurskoðunarsviðs
Auk sviðsstjóra starfa á endurskoðunarsviði fjórir deildarstjórar, ritari og 14 sérfræðingar (sjá nánar hér). Um fjárhagsendurskoðun sjá hér.
Innra skipulag stjórnsýslusviðs
Auk sviðsstjóra starfa á stjórnsýslusviði tveir deildarstjórar og 5 sérfræðingar (sjá nánar hér). Um stjórnsýsluendurskoðun sjá hér.
