Skipurit Ríkisendurskoðunar tók gildi 1. apríl 2010. Fagleg starfsemi stofnunarinnar fer fram á tveimur sviðum: endurskoðunarsviði og stjórnsýslusviði. Fyrrnefnda sviðið annast fjárhagsendurskoðun samkvæmt 8. gr. laga um Ríkisendurskoðun en hið síðarnefnda annast stjórnsýsluendurskoðun samkvæmt 9. gr. sömu laga, auk annarra verkefna.
Þrjár einingar sinna stoðþjónustu: rekstrar- og tölvustoð, lögfræði- og skjalastoð og upplýsinga- og alþjóðastoð. Þá sinnir skrifstofa ríkisendurskoðanda ýmsum verkefnum sem lúta að eftirliti með stjórnsýslunni auk aðstoðar við ríkisendurskoðanda. Fimm starfsmenn sitja í fagráði sem fjallar um ýmis málefni er varða faglega þróun starfseminnar.
Sviðsstjóri endurskoðunarsviðs er Ingi K. Magnússon viðskiptafræðingur og sviðsstjóri stjórnsýslusviðs er Kristín Kalmansdóttir viðskiptafræðingur. Rekstrarstjóri er Eyþór Borgþórsson, yfirlögfræðingur Lárus Ögmundsson og upplýsingafulltrúi Óli Jón Jónsson. Þá stýrir Jón Loftur Björnsson viðskiptafræðingur skrifstofu ríkisendurskoðanda.
Innra skipulag endurskoðunarsviðs
Auk sviðsstjóra starfa á endurskoðunarsviði fjórir deildarstjórar, ritari og 18 sérfræðingar. Sjá nánar hér.
Innra skipulag stjórnsýslusviðs
Auk sviðsstjóra starfa á stjórnsýslusviði tveir deildarstjórar og 10 sérfræðingar. Sjá nánar hér.
